1996 年機構改革時取消了內蒙古新能源領導小組，新能源辦公室并入內蒙古科技廳，其制定政策、發展規劃、統籌協調的職能不復存在。1999 年，自治區取消了對小型風力發電及和太陽能電池的補貼政策，全區統一的推廣計劃不復存在，小型風力發電機在市場競爭中優勝劣汰。各個旗縣建立起來的新能源推廣服務站（農機推廣站）由于缺乏基本的生存條件，只有少數艱難的生存了下來，大多都改了行。
　　“十一五”以來，我國可再生能源發展的大環境明顯改善，2006 年1 月《可再生能源法》的頒布實施，以及之后將可再生能源確定為戰略性新興產業，可再生能源得到了前所未有的高度重視，發展迅速。
　　風電場建設快速發展：從上世紀八十年代自治區第一個風電場- 朱日和風電場開始，到2005 年底，全區累計并網發電裝機容量為16.6 萬千瓦。到2007年底僅兩年時間，全區風電裝機容量純增近140萬千瓦, 總容量達到165 萬千瓦, 比前二十年裝機總和增長了近10 倍，占全國總量的27%，居全國第一，成為全國首個風電裝機突破100 萬千瓦的省區。
　　到2011 年底，全區風電并網容量為1456 萬千瓦，發電量259 億千瓦時, 又分別比上年增長了45.6% 和30%，居全國首位風電場的快速發展拉動了自治區風電設備制造業的發展，目前全區有16 家風電機組制造企業，風力發電機設計生產能力達到456 萬千瓦。
　　太陽能發電項目：截止2011 年底，自治區光伏發電裝機容量11.2 萬千瓦，發電量2100 萬千瓦時。
其中，自治區“金太陽示范工程”從2009 年開始實施，共投資3.3 億元，裝機5.64 萬千瓦。
　　典型的光伏示范工程：205KW 聚光太陽能光伏示范電站，2007 年11 月并網發電；5MW 太陽能光伏示范電站，2010 年建成發電量突破100 萬千瓦時。
　　在建項目有鄂爾多斯市5 萬KW 槽式太陽能熱風電站，阿拉善左旗15MW 并網光伏發電站。
　　材料產業：自治區已建和在建的硅材料企業9 家，規模：31500 噸，其中：多晶硅已投產16500 噸，
在建9500 噸；單晶硅已投產1000 噸，在建4500 噸；太陽級硅企業4 家，規模：12896 噸，其中：已投產多晶硅1940 噸，在建10000 噸；已投產單晶硅956 噸。
　　小風電發展緩慢：由于對小型風能產業的發展沒有明確的政策導向和扶持，無論從研發、生產、企業技改、有序有效的市場培育等方面都缺乏國家的扶持和投融資渠道，嚴重制約了產業發展和市場成長，從“十五”至今，內蒙古小風電在重重困難中艱難生存，發展緩慢。這期間小型風力發電機銷售5.5 萬臺，其中自治區內銷售量占70%、不足4萬臺，其中還包括一部分更新的數量。
　　3. 小型風電行業發展存在的主要問題